Coffea species inter-specific hybridization in New-Caledonia : favourable niches distribution and genetic diversity structuring
Etude de l'hybridation inter-spécifique entre espèces du genre Coffea en Nouvelle-Calédonie : distribution des niches favorables et structuration de la diversité
Résumé
The objective of this thesis is to study the effects of the introduction of plants in a new environment and to understand the extent to which barriers to reproduction have been removed in terms of rate of hybridization and spatial distribution. Around this objective are articulated the various fundamental questions raised by the study of an such dynamics after a movement of species. They concern the dynamics of niches and its impact on species and the characterization of environmental factors favorable having authorized this unique hybridization in the world. This will be done not only at the of the population but also on a larger scale in order to understand whether the phenomenon observed is very localized or, conversely, generalized.
To make this possible, two combined and complementary approaches allow us to characterizing the phenomenon as a whole were discussed:
-genetic analysis of populations, based on microsatellite markers (analyses species level in Africa and at the level of a tri-species population of reference in New Caledonia)
- integrated spatial analysis, based on geographic information systems combining all the environmental and spatial variables necessary to understand such an phenomenon on a regional scale (the study area covers almost 200km2) and has a high concentration of old multispecies coffee plantations present in well-defined habitats).
L'objectif de cette thèse est d'étudier les effets de l'introduction de plantes dans un nouvel environnement et de comprendre l'ampleur des levées de barrières à la reproduction en termes de taux d'hybridation et de distribution spatiale. Autour de cet objectif, s'articulent les différentes questions fondamentales que soulève l'étude d'une telle dynamique après un déplacement d'espèces. Elles concernent la dynamique des niches écologiques et son impact sur les espèces et la caractérisation des facteurs environnementaux favorables ayant autorisé cette hybridation unique au monde. Ceci se fera non seulement à l' échelle de la population mais aussi à une échelle plus large afin de comprendre si le phénomène observé est très localisé ou, a contrario, généralisé.
Pour rendre ceci possible, deux approches combinées et complémentaires nous permettant de caractériser le phénomène dans son ensemble ont été abordées :
- l'analyse génétique des populations, sur la base de marqueurs microsatellites (analyses effectuées au niveau des espèces en Afrique et au niveau d'une population tri-spécifique de référence en Nouvelle-Calédonie)
- l'analyse spatiale intégrée, sur la base de systèmes d'information géographiques combinant toutes les variables environnementales et spatiales nécessaires à la compréhension d'un tel phénomène à une échelle régionale (la région de l'étude s' étend sur presque 200km2 et présente une importante concentration d'anciennes plantations de caféiers multi-spécifiques présentes dans des habitats bien définis).
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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