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Thèse Année : 2011

Genetic identification of marine fish populations of Beryx splendens in the exclusive economic zone of New Caledonia and comparison at the interoceanic scale

Identification génétique des populations ichtyques marines de Beryx splendens de la zone économique exclusive de la Nouvelle-Calédonie et comparatif à l'échelle interocéanique

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Résumé

Beryx splendens(splendid alfonsino) is a benthopelagic fish with a circumglobal distribution but is not currently exploited in New Caledonia. The knowledge of the species' biology and genetics may condition the development and management of fisheries, but the genetic structuring and diversity of beryx populations remain largely unclear. To better study these parameters, we used mitochondrial and nuclear markers as part of a comparative approach. Initially,and in order to better target the most appropriate mitochondrial marker for this study, the sequencing of complete mitochondrial genomes of the species and of B. mollisgave us the level of genetic variability within species, marker by marker. Fragments of 815 bpof cytochrome b gene were then sequenced and used in attemptto interpret the species history. A total of 204 individuals from 14 natural geographic populations throughout the world were analyzed. The populations of the EEZ of New Caledonia have also beenthe subject of special study. Finally, the results on the intensity and the spatial distribution of genetic diversity of B. splendenspopulations were further investigated using nuclear markers. Thus, 193 individuals from the three oceans, including one and two populations of B. decadactylusand B. mollis, respectively, were characterized at eight microsatellite loci. Although less contrasting, the latest results are consistent with those obtained by analyzing the mitochondrial marker. Thus, the results indicate a high intraspecific genetic diversity and suggest a population in expansion. A population subdivision between the Atlantic and Indo-Pacific Oceans was highlighted. On a smaller scale, statistical analysis did not reveal sub-structuring among samples. Our analysis shows that the species tends to follow the ocean currents, suggesting that at least some individuals probably migrate over long distances. This study has detected a large-scale genetic admixture, maintaining the high diversity within the overall population of B. splendens.
Le béryx long Beryx splendens est une espèce d'intérêt commercial à distribution circumglobale mais n'est pas encore exploitée en Nouvelle-Calédonie. Les connaissances sur la biologie et la génétique de l'espèce sont susceptibles d'influencer le développement et la gestion de sa pêche. Cependant la structuration et la diversité des populations de béryx sont encore insuffisamment connues. Afin d'étudier ces paramètres de façon approfondie, des marqueurs mitochondriaux et nucléaires ont été utilisés dans le cadre d'une approche comparative. Dans un premier temps et afin de cibler au mieux le marqueur mitochondrial le plus approprié dans cette étude, les séquençages des génomes mitochondriaux complets de l'espèce et de B. mollis ont permis l'estimations du niveau de variabilité génétique intraspécifique, marqueur par marqueur. Des fragments de 815 pb du gène du cytochrome b ont ensuite été séquencés et utilisés pour tenter d'interpréter au mieux l'histoire de l'espèce. Au total, 204 individus issus de 14 populations géographiques naturelles réparties à travers le monde ont été analysés. Les populations de la ZEE de la Nouvelle-Calédonie ont par ailleurs fait l'objet d'une étude particulière. Enfin, les résultats sur l'intensité et la distribution spatiale de la diversité génétique des populations de B. splendens ont été approfondis à l'aide de marqueurs nucléaires. Ainsi, 193 individus, issus des trois océans et incluant une et deux populations de B. decadactylus et B. mollis, respectivement, ont été caractérisés à huit loci microsatellites. Bien que moins contrastés, les résultats obtenus avec ces derniers vont dans le sens de ceux obtenus par l'analyse avec le marqueur mitochondrial. Ainsi, les résultats indiquent une forte diversité génétique chez l'espèce et suggèrent une population globalement en expansion. Une scission de la population de béryx entre l'Atlantique et l'Indo-Pacifique a été mise en évidence. A plus petite échelle, les analyses statistiques n'ont pas mis en évidence de structuration particulière. Nos analyses montrent que l'espèce tendrait à suivre les courants océaniques, suggérant qu'au moins une partie des individus migrent probablement sur de longues distances. Cette étude a permis de détecter un brassage génétique à large échelle océanique, assurant le maintien de la diversité au sein de la population globale de B. splendens.
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Citer

Lauriana Lévy-Hartmann. Identification génétique des populations ichtyques marines de Beryx splendens de la zone économique exclusive de la Nouvelle-Calédonie et comparatif à l'échelle interocéanique. Génétique animale. Université de la Nouvelle-Calédonie, 2011. Français. ⟨NNT : 2011NCAL0037⟩. ⟨tel-02970706⟩
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